Müzəyyən xanım Bakı şəhərində Ağabəyovlar-Əliyevlər ailəsində anadan olub.
Atası Əlişir bəy Ağabəyov (1903-1942) o dövrün Salyanda məşhur bəylərindən olan Ağaşirin bəy Ağabəyovun oğlu idi. Anası Münnəvər xanım (1915–1992) öz nəcabəti, ad-sanıla, var-dövlətilə tanınmış Əhəd Əliyevin qızı idi. Yoxsullara əl tutan, qayğı göstərən babası Ağaşirin bəy titulu, möhürü, rəsmi sənədi olan rütbə sahiblərindən olub. Ana tərəfindən olan babası Əhəd kişi imkansız ailələrə əl tutan, xeyriyyəçiliklə məşğul olmaqdan böyük zövq duyan, nurani, rəhmdil, nəcib bir insan olub. Əhəd kişi öz maliyyəsi hesabına Fransadan «dizel» tipli su qaldıran nasoslar kompleksi gətirtdirmişdir ki, kənd əhalisinin öz əkin sahələrini Kür suyu ilə sulamaq imkanı olsun. Əhəd bəyin adı bu gün də Salyanda camaat arasında hörmətlə çəkilir.
Əlişir bəy Ağabəyov 1929-cu ildə Münəvvər xanımla ailə həyatı qurur. Beş övladı dünyaya gəlir: Rəfıqə, Nazim, Müzəyyən, Kazım və Mais. 1941-ci ildə İkinci Dünya Müharibəsi başlanandan sonra müəllim kimi müharibəyə getməmək səlahiyyətinə malik olmasına baxmayaraq könüllü olaraq cəbhəyə gedir və 1942 ilin mart ayında itkin düşür. Əlişir bəy müharibəyə yola düşəndə Münnəvər xanımın cəmi 26 yaşı var idi.
Ağabəyovlar-Əliyevlər ailəsinin ortancıl üzvü Müzəyyən Əlişir qızı Ağabəyova filoloq, tərcüməçi və pedaqoq olmuşdur. Həyat yoldaşı Aqşin Babayevlə orta məktəbdə tanış olublar. 
Aqşin müəllim həyatı və yaradıcılığına həsr olunan çoxsaylı verilişlərdə bu barədə belə danışır: “Mən yoldaşımla birlikdə orta məktəbdən gəlirəm. Mənim ilk məhəbbətimdir mənim yoldaşımdır. Süleyman Rüstəm deyirdi:
“Sevib-sevilənlər çox gözəl bilir,
Olmayıb vəfası ilk məhəbbətin”.
Habil Əliyev də gözəl bir mahnı yazıb bu “İlk məhəbbət” haqqında. Amma mənim ilk məhəbbətimin vəfası olub. Və mən çox xoşbəxtəm”.
Məktəbi bitirdikdən sonra Aqşin müəllim və Müzəyyən xanım nişanlanıblar və birlikdə Azərbaycan Universitetin filologiya fakültəsinə daxil olublar. Təhsillərini bitirdikdən sonra evləniblər, toyları olub. Aqşin müəllim avtobioqrafıq romanında yazır:
“Şeirlər, hekayələr yazırdım. “Bahar” adlı ilk şeirimi yeddinci sinifdə oxuyanda yazmışdım. Amma bu sənətin ardınca getmək fikrim yox idi. Riyaziyyatçı olacaqdım.” Sonra izah edir fikrini nədən dəyişdirdiyi üçün, “həyatın təsadüflərindən” də söz açır və əlavə edir: “Nə riyaziyyatçı oldum, nə həkim. Həyat yoldaşımı da öz ardımca sürüdüm. O, alman dilini gözəl bilirdi. Qısqanclıqdanmı, nədənsə onu məcbur etdim ki, mənimlə birlikdə universitetin filoloji fakültəsinə sənəd versin. Məndən də yüksək bal topladı. Təhsil illərində də məndən yaxşı oxuyurdu.”
Universiteti bitirdikdən sonra Müzəyyən xanım həyatını ailəsinə bağladı, iki övladları dünyaya gəldi, bir müddət ev xanımı oldu. 
1970-ci illərin əvvəllərində həyat yoldaşıyla Türkiyədə yaşadı və Türkiyənin Iskenderun şəhərinin dövlət xəstəxanasında tərcüməçi kimi işlədi. Vətənə döndükdən sonra Mirzə Ələkbər Sabir adına Pedaqoji Texnikumun (bu gün Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Kolleci) yüksək ixtisaslı müəllimi oldu. Təqaüdə çıxana qədər uzun müddət Pedaqogika fənindən tələbələrə dərs dedi.
Müzəyyən xanım, Türkiyənin məşhur fikir adamı Zəkəriyyə Sərtəlin dünya şöhrətli şair Nazim Hikmətə həsr etdiyi «Mavi gözlü dev» adlı iri həcmli kitabını dilimizə tərcümə etmişdir. Dövri mətbuatda çap olunan portret oçerklərinə və müxtəlif janrlı məqalələrinə görə o, «Məhsəti Gəncəvi mükafatı laureatı» adına layiq görülmüşdü.
Aqşin müəllim hər çıxışında, yaradıcılığına həsr olunan görüşlərdə dönə-dönə təkrar edirdi:
“Mənim həyat yoldaşım, ömür dostum… Əgər mən bu gün elmlər doktoruyamsa, professorumsa, və mənim yoldaşım elmlər doktoru, professor deyilsə, o mənim günahımdır. O, ömrünü mənə həsr edib”.
Başqa bir çıxışında dəyərli şair Əli Kərimlinin “İki sevgi” (1953) şerini əzbər deyir və əlavə edir:
“Bax, məhəbbət budur. Və mən xoşbəxtəm ki, belə bir məhəbbəti görmüşəm. Və mən xoşbəxtəm ki, bu gün də mən o məhəbbətlə yaşayıram. Və Allahdan arzum odur ki, bir yerdə köçək bu dünyadan…”
Müzəyyən xanım Aqşin müəllimin vəfatından sonra bir il və iki ay ömür sürdü. “Aqşin kimi ayın onunda ölmək istəyirəm”, – deyərdi.
10 avqust 2021-ci ildə Müzəyyən xanım əbədiyyətə qovuşdu…